干货分享：肽核酸（PNA） 序列设计指南
293 人阅读发布时间：2025-02-13 10:04
长度：合成 PNA 序列一般不超过 18 个碱基，但不包括接头、氨基酸和标记物。
含有氨基酸：可以把一个赖氨酸或半胱氨酸联在序列的 N 端或 C 端。
嘌呤含量：富含嘌呤 PNA 易发生聚合反应且水溶性差。为了避免聚合反应，请遵循以下原则：将嘌呤含量限制在 60% 以下。
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GAT TAG CAG TCT ACG (可行 - 嘌呤含量 < 60%)
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连续嘌呤不超过 4 个，而鸟嘌呤则不超过 3 个。
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ATT AGG GGC ATC TAC (不可行 - 连续 4 个 G)
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CTA GAT AGA AGG TTC (不可行 - 连续 6 个嘌呤)
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GTA GAT GCC CCT AAT (可行 - 上面序列的互补序列，未违背任何准则)
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GAA CCT TCT ATC TAG (可行 - 上面序列的互补序列)
避免自我互补序列：反向重复、发夹和回文序列。由于 PNA/PNA 相互作用比 PNA/DNA 更强，这些类型的探针容易聚合。
四个碱基互补是可行的， 但只含有 C 和 G 的除外。然而当它们被一个或多个碱基间隔时，也是可行的。
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GAT AATT GCA (可行 - 四个碱基互补)
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GAT CCGG TAC (不可行 - 只有 CCGG 互补)
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TAT CCT GGT A (可行， CC, GG 隔了一个碱基)
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CTA TTA ATG CA (不可行 - 6 个碱基互补)
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当被一个或多个碱基间隔时，6 个碱基互补是可行的，但只含有 C 和 G 的除外。
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AGT GCT ACT (可行 - 中间有间隔 )
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GCG GCT CGC (不可行 – 只有 G 和 C 互补)
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即使被一个或多个碱基间隔，8 个碱基互补也是不可行的。
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ACTG T CAGT (不可行 - 8 个碱基互补)
我们强烈建议您设计反向平行的 PNA 探针。PNA 可以在任一方向形成双链，但反向平行取向优先，形成最普通双链。对于反义和 DNA 探针类型应用，反向平行是最优先构象。当反向平行取向时，PNA 探针的 N 端相当于 DNA 的 5’端。
PNA 熔点不同于 DNA。由于 PNA 链是不带电的，PNA-DNA 的 Tm 值会比相应 DNA-DNA 的高。通常情况下，100 mM NaCl 中，每增加一个碱基，其 Tm 值提高约 1°C。在较低盐浓度下，其 Tm 值的差异将更加明显。通常，一个含 10 个碱基 PNA，其 Tm 值约 50°C，含 15 个碱基的 PNA Tm 值约 70°C。
长度为 12～17 个碱基的 PNA 序列是最佳的。序列长度主要取决于其具体应用。与 DNA 的应用相比，PNA 探针序列需要的长度更短。链长的 PNA，根据序列，倾向于聚合，不易纯化和表征 。然而，序列越短，特异性越强。因此，对于短序列来说，不匹配的影响更大。
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PNA的价格取决于序列长度、产量、纯度以及修饰标记，请将您的具体需求发送至我们将第一时间联系您。
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最低订购量：未标记PNA 20 nmole，标记PNA 10 nmole。
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一般2-3周交货，gamma PNA或修饰标记的3-4周交货。
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All single-stranded PNA sequences were purchased from SBS Genetech Co., Ltd. (Beijing, China).
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Anal. Chem. | 30 July 2021
PNA was synthesized by SBS Genetech Co. Ltd. (Beijing, China). Table S1 shows the above-mentioned oligonucleotide sequence.
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Anal. Chem. | 2 April 2021
Thiolated PNA with a−(CH2)6− spacer at the 5′ end was synthesized and purified by SBS Genetech Co., Ltd. (Beijing, China). All the sequences are shown in Table S1.
